Die mittelalterlichen Glocken aus dem Jahr 1515 wurden beim Brand der Heiliggeistkirche durch französische Truppen im Jahr 1693 zerstört. Die Hitze war so gewaltig, dass die Chronisten von einer flüssigen Schmelze der herabfallenden Glocken berichten.
1705 wurde der Kirchturm wieder erbaut. 1712 erklang die erste neue Bronzeglocke. Die Scheideglocke galt als verschollen, bis sie 1999 nach 60 Jahren zufällig im Keller der Bergheimer Luthergemeinde gefunden wurde. Sie hängt heute auf dem Dachreiter über dem Kirchenschiff.
Im Turm erklingt ein barockes vierstimmiges Glockengeläute aus einem Guss aus dem Jahr 1738, der Glockenstuhl ist aus dem drauffolgenden Jahr.
Die große Christusglocke hat einen Durchmesser von 144 cm und eine Höhe 108 cm (cis1). Die Inschrift lautet humorvoll über den Glockenstifter, Kurfürsten Carl Philipp: "Carl Philipp lebe, glücklich die Pfalz regiere bis Gott (doch aber spät) ihn in eine bessere Welt entführe (1738)".
Die anderen Bronzeglocken heißen Maria (118,5/91/e1), Dreifaltigkeit (93/73,5/a1) und Immaculata (71/57/cis2).
Im Jahr 1962 ereignete sich ein Unfall, als der Klöppel der kleinen Glocke abgerissen und abgestürzt war. Im Jahr drauf drohte sogar der Absturz einer Glocke, so dass diese vorübergehend stillgelegt werden musste.
Nach der Läuteordnung sind die Glocken wie folgt zu hören:
Sonntag bis Freitag 18:02 Uhr bis 18:10 Uhr: Zweite Glocke „Maria“
Samstag 18:02 Uhr bis 18:10 Uhr: Volles Geläut
Mittagsandacht 12 Uhr, Montag bis Samstag 11:54 bis 11:59 mit zwei Glocken
Bei Gottesdiensten Vorläuten (Glocken 1 und 2) 10:26 bis 10:29 Uhr , Läuten zum Gottesdienst 10:50 bis 10:59 Uhr
Der Turm der Heiliggeistkirche ist 82 m hoch. Es sind darin seit 1999 Wanderfalken angesiedelt, bis zu dem Zeitpunkt waren sie in der Kurpfalz seit 47 Jahren ausgestorben. Das Projekt wird heute unter Federführung des NABU Heidelberg AK Greifvögel durchgeführt.